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單鏈RNA Marker

單鏈RNA Marker

産品編号:RTM505

産品規格:25次

數量
價格 ¥800

單鏈RNA Marker15-50 nt

 

● 産品編号及規格:

貨号

名稱

規格

貯存

RTM505-01

單鏈RNA Marker15-50 nt

60 μl

-20℃

RTM505-02

2×RNA上樣緩沖液 (尿素變性膠,RNase-free)

1 ml

-20

● 産品簡介:

單鏈RNA  Marker由不同長度的單鏈RNA分(fēn)子混合而成,5條帶的大(dà)小爲15,20,25,30, 40,50 nt。樣品保存在 TE緩沖液中,每條帶濃度約爲100 ng/μl(配成即用型RNA Marker後,每條帶的濃度約爲50 ng/μl)。使用前與等體(tǐ)積2×RNA上樣緩沖液混合即可(kě)上樣電泳。該Marker适用于跑尿素變性膠,電泳後可(kě)以使用核酸染料如(rú)RealSafe Red(貨号:GR002)或RealSafe All(貨号:GR004)均可(kě)以染色得(de)到清晰的條帶分(fēn)離(lí)效果。

産品内附帶2×RNA上樣緩沖液 (尿素變性膠,RNase-free)。以每次上樣5 μl計(jì)算,混合好的單鏈RNA Marker可(kě)以使用大(dà)約25次。

●  保存條件(jiàn)和運輸:

-20℃貯存,有效期24個月;濕冰運輸。

● 使用方法:

注:以下使用方法均以8×10cm凝膠 1.0mm示例,其他(tā)規格凝膠請(qǐng)适當調整。

. 凝膠制備:

1.1 可(kě)以選擇RNA尿素PAGE電泳試劑盒(Cat:RTE4103))或按照(zhào)以下程序制膠。

1.2.分(fēn)離(lí)膠配制:根據表格一,将不同體(tǐ)積的成分(fēn)混合,漩渦攪拌至尿素徹底溶解。

表一 TBE-尿素PAGE分(fēn)離(lí)膠配方表 (總體(tǐ)積5 ml,适用于厚度1.0 mm小闆膠)

RNA長度

最佳凝膠濃度

尿素()

40%PAA

29:1

10×TBE

RNase-free

10%APS

TEMED

200-1000 nt

5%

2.1

0.625 ml

0.5 ml

至體(tǐ)積5 ml

50 μl

5 μl

50-400 nt

8%

2.1

1 ml

0.5 ml

至體(tǐ)積5 ml

50 μl

5 μl

30-300 nt

10%

2.1

1.25 ml

0.5 ml

至體(tǐ)積5 ml

50 μl

5 μl

40-200 nt

12%

2.1

1.5 ml

0.5 ml

至體(tǐ)積5 ml

50 μl

5 μl

10-150 nt

15%

2.1

1.875 ml

0.5 ml

至體(tǐ)積5 ml

50 μl

5 μl

6-100 nt

20%

2.1

2.5 ml

0.5 ml

至體(tǐ)積5 ml

50 μl

5 μl

1.3在凝膠模具中灌入适量分(fēn)離(lí)膠溶液(對于mini-gel,凝膠液加至約距前玻璃闆頂端1.5 cm或距梳齒約0.5 cm即可(kě)),然後在分(fēn)離(lí)膠溶液上輕輕覆蓋一層1-5 cm的水層,使凝膠表面保持平整。

1.4靜(jìng)置10-20分(fēn)鍾,待分(fēn)離(lí)膠和水層之間出現一個清晰的界面後,說(shuō)明凝膠已聚合。

注:凝膠的聚合時間與環境溫度有關。夏天溫度較高時,聚合較快(kuài);冬天氣溫低時,聚合時間會延長。可(kě)以根據環境溫度的不同調節APS的加入量。

1.5去(qù)除覆蓋在分(fēn)離(lí)膠上的水層;按照(zhào)表二将不同體(tǐ)積成分(fēn)在一個小燒杯中混合;最後加入10%過硫酸铵和TEMED,輕輕攪拌使其混勻,避免産生(shēng)氣泡。

表二 TBE-尿素PAGE 4%濃縮配方表 (總體(tǐ)積2 ml,适用于1.0mm厚度膠)

各組份體(tǐ)積(ml

尿素

40%PAA29:1

10×TBE

RNase-free

10%APS

TEMED

0.84

0.2 ml

0.2 ml

補至體(tǐ)積2 ml

20 μl

2 μl

1.6将濃縮膠溶液加至分(fēn)離(lí)膠的上面,直至凝膠溶液到達前玻璃闆的頂端;将梳子插入凝膠内,避免産生(shēng)氣泡。

1.7常溫靜(jìng)置30-60分(fēn)鍾,等待濃縮膠聚合。

注:凝膠的聚合時間與環境溫度有關。夏天溫度較高時,聚合較快(kuài);冬天氣溫低時,聚合時間會延長。可(kě)以根據環境溫度的不同調節APS的加入量。

. 樣品制備:

2.1 取适量體(tǐ)積單鏈RNA Marker樣品與等體(tǐ)積的2×RNA上樣緩沖液 (尿素變性膠,RNase-free)混合,70℃處理(lǐ)5分(fēn)鍾,冰浴制冷(lěng)後待上樣。待測樣品也需要進行同樣處理(lǐ)。

.電泳:

3.1. 預電泳(可(kě)選):電泳槽内外加入适量1×TBE緩沖液穩壓200V預電泳30分(fēn)鍾。電泳結束後,1×TBE緩沖液徹底沖洗加樣孔2-3次,去(qù)除殘餘的尿素

3.2.上樣:根據梳齒确定Marker上樣量, 一般是10齒1mm厚梳子Marker上樣5 μl,15齒1mm厚梳子上樣3 μl。

3.3. 連接電源線,打開電源開關,按照(zhào)以下條件(jiàn)電泳。

 

恒電壓

起始電流

結束電流

電泳時間

适用條件(jiàn)

推薦電壓

200V

15-20 mA/闆膠

10-15 mA/闆膠

60+ min

最佳電壓,最優的分(fēn)辨率

3.4. 等待上樣緩沖液的溴酚藍指示前沿到凝膠底部時終止電泳,取出凝膠進行後續實驗。

變性膠濃度

溴酚藍

二甲苯菁

5%

35 nt

130 nt

8%

19 nt

75 nt

10%

15 nt

55 nt

15%

10 nt

52 nt

20%

5 nt

35 nt

四.染色:

單鏈RNA推薦用RealSafe Red(貨号:GR002)或RealSafe All(貨号:GR004)染色,兩種染料均可(kě)以得(de)到清晰的條帶分(fēn)離(lí)效果。

注:其餘染料如(rú)GelRed,Goldview,EB等染色效果不好。

● 注意事(shì)項:

1. 單鏈RNA Marker産品适用于變性PAGE垂直電泳,不适用于水平瓊脂糖凝膠電泳。

2. 建議(yì)單鏈RNA Marker現用現配,因爲混合有上樣緩沖液的單鏈RNA穩定性不好。

3. ssRNA實驗樣品序列和實驗樣品上樣量的不同,顯示的片段大(dà)小與Marker可(kě)能會有微弱的差别。

● 電泳示例:

1. 使用RealSafe Red核酸染料(貨号:GR002)染色:

 

2. 使用核酸快(kuài)速高靈敏度染色試劑盒(貨号:RTS5101)染色


 



 
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