細菌基因組DNA提取試劑盒(目錄号:RTG2401)
試劑盒組成
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RTG2401-01
(50次)
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RTG2401-02
(100次)
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貯存方式
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緩沖液GA
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15 ml
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30 ml
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室溫
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緩沖液GB
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15 ml
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30 ml
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室溫
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去(qù)蛋白(bái)液GD(濃縮液)
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18 ml
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36 ml
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室溫
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漂洗液PW(濃縮液)
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25 ml
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25 ml
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室溫
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洗脫緩沖液EB
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15 ml
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2×15 ml
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室溫
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蛋白(bái)酶K(20 mg/ml)
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1 ml
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2×1 ml
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-20℃
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溶菌酶(5 mg/ml)
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1ml
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2×1ml
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-20℃
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RNase A(10 mg/ml)
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0.5 ml
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1 ml
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-20℃
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吸附柱CG
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50個
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100個
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室溫
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收集管(2 ml)
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50個
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100個
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室溫
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說(shuō)明書(shū)
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1份
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1份
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● 試劑盒内容及保存:
● 儲存、效期及運輸:
本試劑盒在常溫(25℃左右)幹燥條件(jiàn)下,可(kě)保存1年(nián);更長時間的保存可(kě)置于2-8℃。2-8℃保存條件(jiàn)下,若溶液産生(shēng)沉澱,應在使用前置于37℃下溶解沉澱至溶液澄清後再使用。單獨包裝的蛋白(bái)酶K、溶菌酶和RNaseA收到後-20℃保存。
蛋白(bái)酶K、溶菌酶和RNase A濕冰運輸,其餘組份常溫運輸。
● 産品簡介:
本試劑盒采用可(kě)以特異性結合DNA的離(lí)心吸附柱和獨特的緩沖液系統提取細菌(革蘭氏陽性菌和陰性菌)的基因組DNA。溶菌酶能有效去(qù)除細菌細胞壁;蛋白(bái)酶K能把核酸解離(lí)出來(lái); RNaseA能去(qù)除痕量的RNA污染;離(lí)心吸附柱能夠高效、專一吸附DNA,最大(dà)限度去(qù)除雜質蛋白(bái)及細胞中其他(tā)有機(jī)化合物,提取的基因組DNA片段大(dà),純度高,質量穩定可(kě)靠。
使用本試劑盒回收的DNA可(kě)适用于各種常規操作(zuò),包括酶切、PCR、文庫構建、Southern雜交等實驗。
● 提取得(de)率:
材料
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提取量
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DNA得(de)量
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細菌培養液
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108–1010 cells
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10-20 μg(革蘭氏陰性菌)
6-10 μg(革蘭氏陽性菌)
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● 準備工(gōng)作(zuò):
1. 準備55℃和70℃水浴;無水乙醇;1.5 ml滅菌離(lí)心管。
2. 按照(zhào)标簽所示在去(qù)蛋白(bái)液GD和漂洗液PW中加入無水乙醇,混勻後蓋緊瓶蓋後室溫貯存備用。
3. 每次使用前請(qǐng)檢查緩沖液GA,緩沖液GB和去(qù)蛋白(bái)液GD是否有沉澱生(shēng)成,如(rú)果出現沉澱,37℃溫浴至沉澱溶解後再使用。
● 操作(zuò)步驟:
如(rú)非指出,所有離(lí)心步驟均爲使用台式離(lí)心機(jī)在室溫下離(lí)心。
1. 取細菌培養液1-2 ml,10,000 g離(lí)心1分(fēn)鍾,盡量吸淨上清;向細菌沉澱中加入180 μl EB,旋渦混勻後加入18 μl 溶菌酶,室溫放(fàng)置10-15分(fēn)鍾,期間間歇混勻幾次。
注:溶菌酶的用量和處理(lǐ)時間與處理(lǐ)的細菌種類密切相(xiàng)關,用戶可(kě)以根據細菌種類進行調節。如(rú)革蘭氏陽性菌應将處理(lǐ)時間延長到30-60分(fēn)鍾。
2.10,000g離(lí)心1分(fēn)鍾,吸棄大(dà)部分(fēn)上清,留下約10 μl液體(tǐ),徹底混勻。
注:由于餘留的液體(tǐ)較少,徹底混勻菌體(tǐ)不太容易,用手指彈動管壁附加槍頭反複吹打既能完全混勻菌體(tǐ)。混勻一定要徹底,否則容易導緻步驟8中離(lí)心柱堵塞。
3. 向菌體(tǐ)沉澱中加入200 μl緩沖液GA,混勻。
4. 向管中加入20 μl 蛋白(bái)酶K,混勻,55℃處理(lǐ)15-30分(fēn)鍾,期間間歇混勻2-3次至溶液清亮。
注:加入蛋白(bái)酶K後會産生(shēng)絮狀物,消化徹底的标志是絮狀物完全消失,溶液變清亮。如(rú)消化不徹底,會導緻步驟8中離(lí)心柱堵塞。
5. 加入10 μl RNaseA(10 mg/ml)溶液,混勻後室溫放(fàng)置2分(fēn)鍾。
6. 加入220 μl緩沖液GB,混勻,70℃放(fàng)置10-30分(fēn)鍾(對于革蘭氏陽性菌,時間應延長到60分(fēn)鍾)。
注:加入緩沖液GB時可(kě)能會産生(shēng)白(bái)色沉澱,一般70℃放(fàng)置相(xiàng)應時間後溶液會變清亮。如(rú)溶液未變清亮,應延長70℃處理(lǐ)時間。如(rú)果絮狀物不能處理(lǐ)幹淨,容易導緻步驟8中離(lí)心柱的堵塞。
7. 加入220 μl無水乙醇,充分(fēn)混勻。
注:加入乙醇後會産生(shēng)絮狀沉澱,可(kě)用槍頭反複抽打1-2次将沉澱弄碎後再上柱。如(rú)果絮狀物未做處理(lǐ),容易導緻步驟8中離(lí)心柱的堵塞。
8. 将上一步所得(de)溶液和絮狀沉澱加入到吸附柱CG中(吸附柱放(fàng)入收集管中),11,000g離(lí)心5分(fēn)鍾,倒掉廢液,吸附柱CG放(fàng)入收集管中。
注:如(rú)果出現吸附柱堵塞現象,可(kě)将離(lí)心時間延長到10分(fēn)鍾。
9. 向吸附柱CG中加入500 μl去(qù)蛋白(bái)液GD(使用前請(qǐng)先檢查是否已加入無水乙醇),11,000 g離(lí)心2分(fēn)鍾,倒掉廢液,吸附柱放(fàng)入收集管中。
10. 向吸附柱CG中加入700 μl漂洗液PW(使用前請(qǐng)先檢查是否已加入無水乙醇),11,000 g離(lí)心60秒,倒掉廢液,吸附柱放(fàng)入收集管中。
11. 向吸附柱CG中加入500 μl 漂洗液PW,11,000 g離(lí)心60秒,倒掉廢液。
12. 吸附柱CG放(fàng)回收集管中,11,000 g離(lí)心2分(fēn)鍾。
注:此步驟非常重要,其目的是将吸附柱中殘餘的漂洗液去(qù)除。漂洗液中乙醇的殘留會影(yǐng)響後續的酶反應(酶切、PCR等)實驗。
13. 将吸附柱CG轉入一個幹淨的1.5 ml離(lí)心管中,向吸附膜的中間部位懸空滴加50–100 μl經70℃水浴預熱(rè)的洗脫緩沖液EB,室溫放(fàng)置2分(fēn)鍾,11,000 g離(lí)心2分(fēn)鍾。
注; = ① 洗脫緩沖液體(tǐ)積最好不少于50 μl,體(tǐ)積過小影(yǐng)響回收效率。
= ② 洗脫液的pH值對于洗脫效率有很大(dà)影(yǐng)響。若用水做洗脫液應保證其pH值在7.0-8.5範圍内,pH值低于7.0會降低洗脫效率。
14. DNA産物-20℃保存。
● DNA濃度及純度檢測:
基因組DNA片段的大(dà)小與樣品保存時間、操作(zuò)過程中的剪切力等因素有關。提取的DNA片段可(kě)用瓊脂糖凝膠電泳和紫外分(fēn)光(guāng)光(guāng)度計(jì)檢測濃度與純度。可(kě)配制0.8-1.0%瓊脂糖凝膠,使用λ/HindIII判斷基因組的大(dà)小,完整的基因組大(dà)小應在23 kb以上。使用分(fēn)光(guāng)光(guāng)度計(jì)檢測時, OD260/OD280比值應爲1.7-1.9之間,如(rú)果洗脫時不使用洗脫緩沖液,而使用去(qù)離(lí)子水洗脫,比值可(kě)能偏低,但(dàn)并不表明DNA純度不高。
RTG2401 細菌基因組DNA提取試劑盒發表文章(zhāng)
1. [2022 IF=4.2] Screening of high-efciency
nitrogen-fxing bacteria from the traditional Chinese medicine plant
Astragalus mongolicus and its efect on plant growth promotion
and bacterial communities in the rhizosphere.
Author: Zhiyong Shi, Xu Guo, Zhenhong Lei,
Yuanyuan Wang, Zhenyu Yang, Jingping Niu and Jianping Liang
Product: RTG2401 細菌基因組DNA提取試劑盒
Journal: BMC
Microbiology (2023) 23:292
Institution: College Of Life Sciences,Shanxi
Agricultural University
Paper link:https://doi.org/10.1186/s12866-023-03026-1